| | LC/MSD XCT Ultra Trap | Finnigan LTQ | 解 释 |
| 喷雾接口设计 | 采用预优化的90度直角设计， 可以使在宽流量范围内（1-1000微升/分钟）无需再调节X,Y或Z的位置，可以保证在范围内得到高灵敏度，高重复性的谱图。 | 采用60度角设计.需要根据流动相的组成，极性，流量大小，调节X,Y,Z的位置。操作极其复杂，因为在分析过程中，经常用梯度洗脱，或不同的流速，都需进行X,Y,Z的调节，否则就不能获得好的谱图 | 在LC/MSD XCT TRAP上操作简单，得到的结果重复性好.可以直接进行在分析方法转换,无须重新调节X,Y,Z的位置 |
| 离子阱的设计 | | | |
| 毛细管设计 | 采用两端外部为铂金，内部为石英材料的大口径（600um）的毛细管设计，配合反吹干燥气设计，使得毛细管不容易被堵塞，既使是热不稳定的糖类化合物也能得到高重复性的结果。 | 采用小口径的加热金属毛细管设计，对于如糖类化合物的分析，毛细管易被堵塞，所以需要用金属通针来消除堵塞，不利于长时间的液质分析，另外，此种设计不适合大流量的条件，因为它需要用加热来完成去溶剂化过程。 | Finnigan的加热不锈钢毛细管设计,对于热不稳定的化合物,如糖甙类,可能会在离子束传输时,部份化合物发生热降解而导致毛细管堵塞,所以, Finnigan需要经常用金属通针疏通毛细管，在使用一定时间还需要将毛细管抽出来进行清洗. |
| 质量范围（m/z） | 50-2200; 200-4000 | 50-2000, 100-4000 | |
| 质量分析器 | 采用非线性谐振扫描方式的多极离子阱技术。其优点是在常规分辩的条件下，可以进行26000u/s的高速扫描，另外，可以实现50-2200全范围内的高分辩率扫描，可以达一万以上。 | 采用模拟四极杆电场的二维线性扫描四极离子阱技术。在全质量范围内只能进行单位质量数分辩率扫描。 | Agilent 的离子阱质谱在常规分辨率的条件下,既 ±0.55 u, 具有26,000 amu/s的扫描速度,这样可以大大提高采样速率,因此,谱图的重复性高,尤其是可以提高定量分析的准确度和重复性. 而Finnigan的质谱在此条件下,只有16700 amu/s 的扫描速率. |
| 质量轴稳定性 | ±0.2amu/8小时 | ±0.1amu/8小时 | 定义范围不同,安捷伦质谱是在全质量范围内进行测量的，而Finnigan则没有说明测量的质量范围 |
| 标准扫描速度 | 正常扫描速度：26000 amu/s | 正常扫描速度： 16700 amu/s | 一般都使用正常扫描速度，在此扫描速度下，才有0.55的分辩率，若扫描速度太大，会大大降低分辩率，从而影响质量精度。高扫描速率可以大大提高采样速度。快速扫描对于液质联用的定性分析是非常重要的,因为采样速率快,才可以在色谱峰的时间范围内有足够的时间采集多级质谱数据. |
| 灵敏度（ms/ms） | 1pg 利血平(信噪比>50:1) | 1 pg 利血平（信噪比=50:1） | |
| 标准分辩率 | 在正常扫描速度下为0.55 (26000amu/s),最高分辨率可以达到10000 | 在正常扫描速度下为0.55 (16700amu/s) | 可以看出，在正常分辩率下，Agilent的扫描速度是Finnigan的2倍多，因此，采样速率也相应大大增加 |
| 高分辩率扫描 | 在全质量范围内，都可以保持高分辩率，如 m/z 2122,分辩率可达 10609 | 只能在很窄的范围（10 amu）内达到 10000 | 1100 LC/MSD Trap XCTplus离子阱质谱更适合液相/质谱联用分析 |
| 正负离子源切换 | 标准配置 快速切换（切换时间<0.5秒） | 标准配置 快速切换切换时间2秒） | Finnigan的正负切换速度太慢, 对于液相联机的应用效果很差, 因为一个液相峰的峰宽一般只有20秒, 正负切换速度太慢无法采集足够的数据点. |
| 大气压光离子化源（APPI） | 可选三个源 API-ESI、APCI, APPI | 可选三个源 AP-ESI、APCI/APPI | 光离子化源可用于特殊化合物的分析，如芳烃化合物 |
| API接口 | 交叉直角喷雾，无需x,y,z的位置调节 | 直角喷雾，需要根据流速来进行x,y,z的位置调节，操作复杂 | |
| API 流速 | 对ESI， 范围是1ml – 1ml/min, APCI 50ml – 1.5ml/min | 对于ESI， 范围是1ml – 1ml/min, APCI 50ml - 2ml/min | 一般的常规液相色谱的流动相流速都小于等于1ml/min |
| 真空系统 | 二路高真空系统 | 二路高真空系统 | 安捷伦的设计为：第一级为机械泵，第二级为双 分子涡沦泵(250L/s+70L/s),而Finnigan LTQ只有一个分子涡沦泵 ,若有问题,维修费用很高. |
| 多级质谱分析MSn | ：n=11级 | n=10级 | 自动Msn是指在联用液相时进行多级质谱分析 |
| 質樸圖的採集速度 | 5-7 spectra/s | 5 spectra/s | |
| 可以升級為配備電子遷移裂解（ETD）功能 | 可以帶ETD | 無此功能 | 電子遷移裂解（ETD）利用外來電子束轟擊肽段離子，可以產生更豐富的碎片離子，有力于氨基酸序列的測定。可以消除離子阱的“Cut-off”效應。特別適合后轉移修飾蛋白質，如磷酸化蛋白質的分析 |
| 智能寻找离子价态,然后进行自动MS/MS分析。 | 可以，自动 | 无此项功能 | 不但可在线自动测定母离子，而且可选择二价离子进行自动MS/MS分析，优先选择二价肽做自动MS/MS。对蛋白、多肽不同的价态的分析及解离特别适合 |
| 在线优化目标离子的质谱参数(SPS) | 有 | 无此项功能 | 可以根据母离子的大小,自动设定最优的离子阱参数,使得母离子的峰强度达到最大 |
| 可编程碰撞诱导解离（SmartFrag） | 有-既考虑了分子的大小又考虑了分子的结构特征 | 能量归一化方法-只考虑了分子离子的大小 | 对碰撞诱导解离的电压编程，可产生不同的解离产物，可对母离子解离的条件进行优化，得到最大的离子流，提高灵敏度。 |
| 首选离子列表 | 有 | 无此项功能 | 可以实时选择列表中离子进行分析，这对于复杂基质中代谢物扫描分析非常有用 |
| 定量分析软件， 定量线性范围可达105, 参见应用文献 | 有(Quant Analysis) | 有(LC QUAN) | |
| 检测器设计 | 安捷伦的设计是: 10KV的高能打拿极加长寿命电子倍增器 | LTQ必须采用双电子倍增器; 设计复杂,而且维护成本很高 | 安捷伦的设计维护成本极方便性比LTQ高,而LTQ的双电子倍增器在维护成本方面则大大高于XCTplus |
| 谱图自动解析软件(选件) | 使用ACD/MS 质谱解析软件，可以进行MS/MS的结构解析 | Mass Frontier | ACD除了可以进行质谱图解析之外, 本身还带一个有含8万个化合物的化合物库 |
| MS/MS肽图的处理和蛋白库检索 | 全自动, Mascot或SpecrumMill | 有, Sequest | Finnigan 的Sequest软件使用较难，而且检索速度非常慢。 |
| 谱库检索软件 | 有，可自建谱库 | 有 | 可自建及检索包括MS和MS/MS的谱库 |
| LC/MS和CE/MS切换 | 自动，软件控制切换 | 无 | Agilent是唯一一家生产LC,CE和MS的场家。减少停机时间，机动性更好。 |
| 连接毛细管液相色谱 | 可以而且全由安捷伦生产 | 其它厂家 | 毛细管液相色谱是高分辩色谱。适合超痕量、非常复杂的谱图，如胎谱及蛋白分析。 |
| 液相和电泳 | Agilent | 第三厂家(Beckman and TSP) | 不同公司的，兼容问题，维修问题，软件控制问题 |
| 可以安裝世界最先進的液相色譜/芯片接口 | 可以 | 無此功能 | |
